Keisarin määräyksen mukaisesti 7.2.1859 seuraavan emäseurakunnan kirkkoherran vaalin yhteydessä Ylistaro tulee omaksi kirkkoherrakunnaksi. Mutta vasta vuoden 1881 alusta lähtien Ylistaron ensimmäiseksi kirkkoherraksi tuli Salomon Hirvinen. Tämä Ylihärmästä syntyisin ollut kirkkoherra muutti tänne Raumalta ja toimi virassa vuoteen 1893 saakka, jolloin hän siirtyi Vöyrille.

Itsenäisenä seurakunnan historia jää varsin lyhyeksi - 150 vuotta. Ja nykyinen johtava kappalainen Markku Toivio oli Ylistaron yhdeksäs kirkkoherra. Hänen työkautensa kirkkoherrana kesti 25 vuotta ja hän jäi siten Ylistaron seurakunnan viimeiseksi kirkkoherraksi. Hänen työkautensa jatkuu johtavana kappalaisena vielä jonkin vuoden.

Ylistaron kappeliseurakunnassa on 5250 jäsentä, mutta vielä 1950-60 luvulla väkiluku oli yli kymmenentuhatta henkeä.

Seurakunnan paluu kappeliseurakunnan asemaan johtuu pitkälti kuntarakenteen mullistuksista ja siitä, että kirkon lainsäädäntö on jäänyt pahasti jälkeen ajan hengestä. Sokeasti on kirkossa seurattu sitä, mitä kunnassa tapahtuu. Kirkon johto ei ole ollut aivan ajan tasalla - ikävä kyllä.

Mutta kirkkoherrakuntaakin kunniakkaampi on ollut Ylistaron kappalaisten pitkä ketju ja seurakuntatyö, jonka aikana on rakennettu kolme kirkkoa ja sanaa on kylvetty. On hoidettu Herramme antamaa tehtävää, kastaa ja opettaa.  Ja sitä tahdomme edelleen hoitaa.